Золотой век пиратства близится к концу. Корабли Британской Ост-Индской компании во главе с лордом Беккетом массово уничтожают пиратов. В этом им помогает морской дьявол Дейви Джонс —капитан легендарного «Летучего голландца», вырезанное сердце которого находится у Беккета. Тем временем Элизабет Суонн, капитан Барбосса и Уилл Тёрнер в Сингапуре пытаются получить у пирата Сяо Фэня корабль и карту, которая может помочь найти Капитана Джека Воробья. Во время переговоров на них нападают солдаты Ост-Индской Компании, которые нашли их благодаря шпиону.

Во время битвы выясняется, что Уилл Тёрнер заключил с Сяо Фэнем договор, смысл которого пока неизвестен. Герои получают корабль и отправляются на Край Света, находящийся за далёкими холодными морями и представляющий собой гигантский водопад, с которого корабль с главными героями и падает в бездну. Джек Воробей пребывает в заточении в тайнике Дейви Джонса. Поскольку он умер в море, его душа не попала на тот свет, а осталась на дне морском. От одиночества у него началось расщепление личности, и он воображает себя сразу всей командой «Жемчужины». Он пытается поймать ветер и уплыть, но потом оказывается, что его корабль находится посреди пустыни. Более того, оказавшись на песке, Джек обнаруживает, что за ним по пятам следует галька. Камни превращаются в крабов и толкают «Чёрную жемчужину» к берегу, где сидят потерпевшие крушение Элизабет, Уилл, Барбосса и другие.

В это время Беккет размещает на «Голландце» отряд солдат под предводительством адмирала Норрингтона и издевается над Джонсом, напоминая ему, что теперь он подчиняется Беккету и Ост-Индской Компании (его сердце всё ещё в руках у Норрингтона).

Джек Воробей и его друзья плывут и видят по пути души умерших, так и не попавших на тот свет. Там они видят и погибшего губернатора. Элизабет пытается спасти своего отца, но безуспешно.

После долгого пути на корабле заканчивается провиант, вода и ром, но догадливый Джек переворачивает корабль (не без помощи своей команды), и герои снова попадают в мир живых и высаживаются на остров, где находят труп Кракена, которого Джонс убил собственноручно по приказу Беккета. На «Жемчужину» нападает Сяо Фэнь, и смысл его сделки с Уиллом становится понятен —Сяо Фэнь получает Джека, а Уилл —корабль, с помощью которого он сможет спасти своего отца с «Летучего голландца». В свою очередь, Сяо Фэнь передаёт Воробья Беккету и нарушает свои условия сделки.

Барбосса и Элизабет пытаются убедить Сяо Фэня помочь им сбежать и пойти на собрание пиратских баронов, в числе которых находятся Сяо Фэнь, Капитан Джек Воробей и сам Барбосса. Во второй раз[3] упоминается имя Калипсо —богини моря, которая была заточена в человеческое тело на первом пиратском совете. Сяо Фэнь соглашается с условием, что Элизабет остаётся с ним. Он сознаётся, что считает Элизабет самой Калипсо, которую должен освободить совет пиратов, так как она —единственная, кто способен остановить Дейви Джонса.

Тем временем Джек договаривается с Беккетом о том, что укажет ему местоположение Бухты Погибших Кораблей —место встречи пиратских баронов, а также заставит всех пиратов выйти из хорошо защищённой бухты в открытое море, где их без труда сможет перебить армада Беккета. В обмен на это условие Беккет обещает не сообщать Джонсу, что Джек выбрался из его тайника. Джек возвращается на «Жемчужину» и приказывает заключить Уилла в карцер за предательство. На корабль Сяо Фэня нападает «Голландец», и Сяо Фэнь погибает во время битвы.

Умирая, он передаёт Элизабет свой символ власти —песо —и назначает её новым капитаном корабля и пиратским бароном. Оставшихся в живых захватывает экипаж «Голландца» под командованием адмирала Норрингтона. Он шокирован встречей с Элизабет, которая рассказывает ему об убийстве её отца по приказу Беккета. Норрингтон клянётся Элизабет, что не причастен к этому. В камере заключения Элизабет встречает «Прихлопа» Билла Тёрнера —отца Уилла, который уже почти сросся с кораблём, но говорит ей, что Уиллу придётся выбирать между своим отцом и своей любовью, ведь в случае убийства Джонса он будет обязан сменить его, став навечно капитаном «Голландца».

Норрингтон помогает Элизабет и её новому экипажу сбежать на их корабль. Элизабет целует Норрингтона перед побегом. На Норрингтона нападает Прихлоп и смертельно ранит его. Джонс предпринимает попытку завербовать умирающего Норрингтона в команду, но адмирал в ответ на вопрос «Ты боишься смерти?» лишь протыкает Джонса шпагой, которую ему выковал Уилл. Джонс забирает шпагу, а команда «Голландца» берёт в плен солдат Ост-Индской Компании. Дейви Джонс спускается на нижнюю палубу, чтобы забрать себе ключ и сундук с сердцем. Однако не попавшие в плен солдаты перегораживают ему путь к сундуку, а помощник Беккета —Мёрсер —говорит, что теперь он командует на «Летучем голландце», и показывает ключ от сундука. Дейви Джонс подчиняется Мёрсеру.

В это время сбежавший из карцера Уилл оставляет следы для Беккета, сбрасывая тела убитых солдат в море. Джек обнаруживает это и сбрасывает в море самого Уилла. Тиа Дальма спорит с Барбоссой, вследствие чего он заточает её в камере. В разговоре открывается, что колдунья и есть богиня Калипсо. Прибыв в Бухту Погибших Кораблей, Джек и Барбосса идут на встречу совета пиратов. Там Барбосса предлагает освобождение Калипсо из заточения в человеческом теле, но с этим не соглашаются другие бароны. Затем прибывает Элизабет и занимает место Сяо Фэня. Все капитаны кладут свои «песо» (пенсне, горлышко бутылки, деревянный кубок, игральную карту, вставной глаз и т. п.) на поднос, тем самым открывая совет пиратов. Исключение составляет Капитан Джек Воробей, который скрыл свой «песо» и не стал класть его на поднос. Барбосса, однако, сумел распознать, какой именно «песо» имеется у Джека. Узнав о скором прибытии армады Беккета, пираты начинают спорить, что им делать.

Некоторые предлагают оставаться в осаде в бухте, которая является настоящей цитаделью. Элизабет предлагает драться, и её поддерживает Джек. Барбосса отвечает, что согласно пиратскому кодексу войну может объявить только Король пиратов, что и подтверждает Хранитель кодекса, капитан Тиг —отец Джека. Лорды начинают голосовать за Короля, но каждый, по-пиратски, голосует только сам за себя, кроме Джека, который неожиданно голосует за Элизабет, тем самым делая её Королём.

Элизабет объявляет войну Ост-Индской Компании, и пиратские бароны вынуждены поддержать её как Короля. Брошенного в море Уилла подбирает корабль Беккета. Уилл утверждает, что может найти Бухту Погибших Кораблей с помощью компаса Джека, который всегда указывает где находится то, что его владелец желает больше всего. Утром армада Компании во главе с «Голландцем» прибывает к бухте, где её встречает флот пиратов. Беккет, Джонс и Уилл встречаются с Элизабет, Барбоссой и Джеком на небольшой песчаной мели между флотами. Элизабет обменивает Джека на Уилла, с чем все согласны. На предложение сдаться Элизабет отвечает отказом.

Барбосса нападает на Джека, но не с целью убийства. Украв последний «песо» у Джека, он выводит Тиа Дальму из трюма корабля и совершает ритуал, освобождающий богиню, считая, что она поможет пиратам одолеть армаду Беккета. Но Калипсо зла на всех —и на Джонса, и на пиратов, которые её заточили. Она магически вырастает, рассыпается на тысячу крабов и исчезает. Обеим сторонам дует благоприятный ветер, и Беккет отдаёт приказ: "Велите Джонсу никому пощады не давать. То-то он обрадуется!"

С флагмана Беккета передают сигнал на «Голландец», и Мёрсер велит подготовить оружие. «Голландец» выплывает из рядов кораблей Компании, а ему навстречу плывёт «Жемчужина». Калипсо создаёт гигантский водоворот. Барбосса перед самым водоворотом сворачивает вправо, а Джонс ведёт «Голландец» прямо через водоворот. Начинается перестрелка между «Летучим голландцем» и «Чёрной жемчужиной». Во время битвы Джек сбегает из трюма «Голландца» и забирает у солдат-охранников Компании сундук с сердцем Джонса, а сам Джонс убивает Мёрсера и снимает с его трупа ключ от сундука. Он намерен поквитаться со всеми. Тут он замечает Капитана Джека Воробья, который перепрыгивает на мачту «Летучего голландца», и переносится туда же. Джонс сражается с Джеком на рее.

Джек отрубает Джонсу щупальце, на котором висит ключ, и роняет сундук с сердцем на палубу «Голландца». Оба корабля берут друг друга на абордаж, и закипает битва между экипажами. Уилл, осознавая возможность близкой смерти, выбирает момент и предлагает Элизабет выйти за него замуж. Она соглашается и просит Барбоссу, как капитана корабля, поженить их. Хотя Барбосса и занят сражением с командой «Летучего голландца» и солдатами Ост-Индской Торговой Компании, он находит момент объявить их мужем и женой. Далее Уилл попадает на корабль Джонса, где дерётся с отцом, который, теряя рассудок, его не узнаёт.

Джонс нападает на Уилла и смертельно ранит его выкованной им же шпагой. Билл Тёрнер наконец вспоминает сына и нападает на Джонса, но тот отражает атаку и готовится убить и Тёрнера-старшего. Но вдруг капитан «Голландца» застывает —Джек Воробей пронзил сердце Джонса обломком шпаги, зажатым в руке Уилла. Джонс падает в водоворот, и за ним следует его корабль. Но перед этим Джек и Элизабет прыгают с корабля на импровизированном парашюте, а Билл Тёрнер вырезает сердце сына, чтобы сохранить его в сундуке вместо сердца мёртвого капитана.

«Жемчужина» под командованием Джека прямым ходом идёт на флагман Беккета, который вооружился сотней пушек. Тут из-под воды всплывает «Голландец», целый и невредимый, а его экипажу возвращён человеческий облик, ведь теперь у корабля новый капитан. Беккет не знает этого и считает победу близкой, пока «Голландец» не разворачивается для атаки на него. Оба корабля заходят с боков флагмана и начинают обстрел. Беккет в шоке из-за внезапного осознания полного и неизбежного краха. Он говорит, что это деловой подход, и безропотно принимает полное уничтожение корабля, забыв о своих подчинённых. После уничтожения мановара Беккета оба корабля идут на армаду компании, но она разворачивается и уходит. Все пираты радуются победе, а Уилл говорит отцу, что тот свободен от рабства Джонса. Отец просит разрешение остаться на «Голландце», Уилл с удовольствием назначает его рулевым.

Экипаж «Жемчужины» готовит лодку для Элизабет, на которой она плывёт к острову для встречи с супругом. Перед заходом солнца Уилл должен вернуться на свой корабль и не сможет выйти на сушу ещё 10 лет. Он поручает Элизабет присматривать за его сердцем и уплывает делать то, что должен был делать Джонс —перевозить мёртвые души в другой мир. Джек идёт по причалу со своими двумя подружками с Тортуги, обещая им прокатиться на его корабле, вот только «Чёрная жемчужина» уже виднеется на горизонте - её угнал Барбосса.

На «Жемчужине» пятеро членов экипажа подходят к капитану Барбоссе и просят узнать их новую цель. Барбосса рассказывает им об источнике вечной юности, который искал Хуан Понсе де Леон, но обнаруживает, что середина карты кем-то вырезана. Он закатывает глаза и проклинает Джека, который тем временем сидит в лодке и смотрит на карту, отплывая в своё новое путешествие.

Сцена после титров После финальных титров действие переносится на 10 лет вперёд, где Элизабет с сыном ждут Уилла на берегу. Они видят зелёную вспышку на закате, которая означает, что душа Уилла возвращается в мир живых. После этого показывается корабль, плывущий к Элизабет и её сыну, а затем показывается сам Уилл, стоящий на корабле.

Джонни Депп - капитан Джек Воробей Орландо Блум - Уилл Тёрнер Кира Найтли - Элизабет Суонн Джеффри Раш - Гектор Барбосса Билл Найи - Дейви Джонс Том Холландер - лорд Катлер Беккет Наоми Харрис - Тиа Дальма/Калипсо Джек Дэвенпорт - Джеймс Норрингтон Чоу Юньфат - Сяо Фэнь Стеллан Скарсгорд - Прихлоп Билл Тёрнер Кевин Макнелли - Джошами Гиббс Джонатан Прайс - губернатор Суонн Ли Аренберг - Пинтел Маккензи Крук - Раджетти Кит Ричардс - капитан Тиг, отец Джека Воробья Мартин Клебба - Марти Марчел Юреш - капитан Шеваль Хаким Кае-Казим - капитан Жокар Маршалл Манеш - капитан Сумбаджи Ангрия Такаё Фишер ; госпожа Цзинь Серджо Калдерон - капитан Вильянуэва Омид Джалили - Аскай Дермот Кини - Маккус, старпом Летучего Голландца Клайв Эшборн - Коленико, штурман Летучего Голландца Уинстон Эллис - Палифицио, матрос Летучего Голландца Регги Ли - Тай Хуанг Питер Дональд Бадаламенти II - Пенрод, старпом Летучего Голландца Мишель Ли - Лянь Нед Вертимер - пират Марк Хилдрет - глашатай Жан-Бенуа Кларк - клерк